من فکر میکنم منظور دوستمون اینه که چطور میشه با استفاده از php مثلا خط شماره 12 یه فایل را تغییر داد... مگه نه؟
خوب برای این کار کافیه با استفاده از تابع ()file یه آرایه بسازید که هر عنصر اون یه خط از فایل مورد نظره بعد با استفاده از یه loop خط مورد نظر را تغییر بدی و بد دوباره فایل را بنویسی.