سلام.
بهتره که همیشه شاخه DocumentRoot رو توی یک مسیر دیگه تعیین کنین که موقع نصب ویندوز به مشکل بر نخورین.
از Database های مورد نیاز پشتیبان تهیه کنید و شاخه c:\wamp\www رو هم کلا کپی کنید یک جای دیگه
بعد از نصب ویندوز، شاخه رو بر گردونید و پشتیبان رو هم Restore کنید.