برای شروع شما همین کاری رو بکنید که دوست گرامی مون اقای
Mozafary گفتن!

ایتدایی)
۱- php را به حالت safemode ببرید.
اما با این کار خیلی از اسکریپت ها واسه نصب مشکل پیدا می کنند و کاربرانتون با مشکل مواجه خواهند شد!!! اما واسه امنیت بد نیست!
۲- پورت مربوط به ssh را تغییر دهید. عمدتا 22 هست که باید عوضش کنید چون اولین کاری که یک هکر میکنه چک کردن پورت های شناخته شده مثل همینه!!!!
۳- با استفاده از مسایل امنیتی htaccess وب سایتهای خود را تنظیم کنید. >>>> حتما این کارو بکنید!
۴- از modesecurity استفاده نمایید.
حیلی از مد ها هست اگه یه سرچ بزنی توی گوگل کلی لیست میشه واستون!
۵- گزارشات مربوط به error log در اپاچی را مرتبا بررسی کنید.
اینم واسه مواقعی هست که کسی بخواد روی سرورتون مارمولک بازی در بیاره :d شما که حر روز نمی تونید کل تنظیمات رو چک کنید اما می تونید با استفاده از این ارور ها و چیزهایی که توش میزنه متوجه بشین!!!
برای شروع انجام این امور عالیست