اگه از wait , hide , top و minimize استفاده کنید , حتما بعدش باید دستور /c رو بنویسید
Run("<System>\cmd.exe","WAIT,HIDE /C del c:\output.txt")
واسه اینکه بدونین wait و hide چیه به این پست مراجعه کنید .
http://forum.majidonline.com/showpost.php?p=1233133&postcount=6