سلام،
داخل ItemTemplarte ریپیتر یه asp:checkbox بذار و autoPostBack رو true تنظیم کن و یه event براش بنویش و داخل code-behind اون event رو handle کن.
یه روش دیگه هم اینه که به جای handle کردن event، توی دکمه مثلا submit، یه loop بنوسی به تعداد item های داخل repeater و با استفاده از متد
کد:
(CheckBox)myReapter.Items[Counter].FindControl("myCheckBoxName")
به checkbox دسترسی پیدا کنی و ازش استفاده کنی.
معذرت اگه توضیح مختصر و نا مفهمومه... آخه وقت برای نوشتن کم داشتم.