توسعه زنجیره تأمین بلاکچین با چالش‌های متنوعی همراه است که جهت استفاده از این فناوری باید با موانع موجود آشنا شوید. مهم‌ترین چالش‌های همراه با توسعه شبکه بلاکچین در زنجیره تأمین را می‌توان در موارد زیر خلاصه کرد:
پیاده‌سازی شبکه بلاکچین بر روی زنجیره تأمین به زیرساخت‌ها و سیستم‌های گوناگونی نیاز دارد. تهیه این پیش نیازها برای شرکت‌ها با موانع گوناگونی همراه است؛ بنابراین بسیاری از کسب‌وکارهای تجاری جهت اجرای شبکه بلاکچین زنجیره تأمین با مشکل مواجه می‌شوند.
تجهیز کردن زنجیره تأمین توسط شبکه بلاکچین به رضایت تمام شرکای کسب‌وکار نیاز دارد و نارضایتی یکی از شرکا به معنای عدم استفاده از بلاکچین خواهد بود. این در حالی است که بسیاری از صاحبان کسب‌وکارهای کوچک تا بزرگ میلی به شفاف سازی عملکرد خود (توسط شبکه بلاکچین) ندارند.
برای اجرای بلاکچین در زنجیره تأمین باید تمام نیروی انسانی را با قوانین موجود (شامل وظایف جدید هر شخص، نحوه کار با سیستم‌های جدید و...) آشنا کرد. آموزش افراد زنجیره تأمین با پروتکل‌های بلاکچین به هزینه و زمان زیادی نیاز دارد.
