توسط تابع chmod می تونید permission ها رو تغییر بدید.
$chmodSuccess = @chmod($filename, 0600);
if( ! $chmodSuccess)
echo "CHMOD error";
@ بخاطر اینه که امکان داره این تابع تو هر محیطی کار نکنه
برای ساختن فایل کانفیگ همونطور که mosi گفتند، باید کل محتویات فایل رو توی فایل fwrite...